Após a derrota jurídica, o governador Blairo Maggi determinou a reformulação nas regras da reforma sistêmica e autorizou sua publicação sem mencionar as autarquias. Tomou essa decisão porque o Sindicato dos Trabalhadores do Sistema Agrícola, Agrário e Pecuário do Estado, que representa as autarquias Indea e Intermat, conseguiram ficar de fora da reforma administrativa. A entidade sindical obseve liminar à uma Ação Direta de Inconstitucionalidade (Adin) impetrada no Tribunal de Justiça.

   Agora, com a redefinição do projeto, as autarquias não são mais mencionadas como sendo do Núcleo Ambiental. Por determinação do desembargador Donato Fortunato Ojeda, foi suspenso na nova publicação todo o conteúdo original do artigo artigo 5º,  inciso VI, alíneas "b" e "c", bem como o artigo 6º, parágrafo terceiro, inciso I.

   Também não faz parte mais do novo Decreto 187 a expressão "transformações de cargos em comissão e funções de confiança". Em síntese, o Executivo excluiu o Intermat e o Indea do Núcleo Ambiental, um dos 12 criados com objetivo de executar todas as atividades sistêmicas.